研究背景和目的肝细胞癌(HCC)的恶性程度很高,且病情发展速度较快,影响范围很广。尽管HCC的诊断方法与治疗手段现已有一定发展,但其复发率与生存率却依旧很低。本研究将应用生物信息学技术对HCC患者的发病和预后情况进行分析,以探究新治疗靶点及其作用的分子机制。Enoyl-CoA水合酶和3-hydroxyacyl CoA脱氢酶(EHHADH)是过氧化体β氧化途径的四种酶之一,既往研究表明在恶性肿瘤的发生发展进程中EHHADH起着重要作用,但目前关于其在HCC中的研究尚少。基于综合公共数据库,本文分析了 EHHADH在HCC中的功能及其机制,研究了 EHHADH在HCC中的表达水平及其对预后的影响,同时也探讨了EHHADH作为一种潜在的生物标志物和治疗靶点潜力的可能性。研究方法本研究采用从TCGA、GEO和ICGC数据库中获取的858例HCC组织数据与493例癌旁组织数据(共1351例转录组和基因组数据)。获取GEO数据库存储的HCC及癌旁组织基因表达数据运用GSEA筛选HCC与Vorinostat分子式癌旁的差异通路,进而筛选差异通路中显著富集的基因,获得Hub基因EHHADH。利用TCGA HCC基因表达数据及相应临床信息分析获得与EHHADH转录组水平下调相关的基因突变,发现TP53突变最显著相关。利用相关性分析探究TP53突变导致EHHADH表达下调的机制。基于Metascape数据库预测EHHADH参与HCC发展的信号通路,发现与铁死亡信号通路显著相关,并分析其与铁死亡相关基因的关系。基于TIDE算法对TCGA HCC数据集分析EHHADH表达量与肿瘤对ICB治疗反应水平的关系。最后收集HCC患者癌组织及癌旁正常组织对EHHADH在HCC中的表达量进行免疫组化验证实验。研究结果1、运用GSEA筛选HCC与癌旁组织差异通路中显著富集的基因,获得Hub基因EHHADH。三个HCC数据集数据的生信分析结果均表明相对于癌旁正常组织EHHADH基因在HCC肿瘤组织中低表达显著;且EHHADH表达量与患者的病理分级(肝细胞去分化程度)显著相关,与总生存期呈正相关。2、在HCC肿瘤组织和癌旁正常组织的比较中,EHHADH的表达量在肿瘤组织中不仅明显glioblastoma biomarkers低于正常组织,而且与肿瘤组织的分化程度呈正比关系。3、对HRSL3分子式CC肿瘤微环境分析结果显示低表达EHHADH组的TIDE评分增加且免疫检查点的mRNA转录水平普遍升高。此外,该基因的低表达与HCC的多种免疫细胞浸润水平改变有关。4、采用GO数据库及KEGG数据库对EHHADH基因进行功能富集分析,结果显示其参与到肿瘤脂肪酸代谢通路中。且EHHADH高低表达组间,部分铁死亡相关基因转录组水平存在显著差异,综上推测该基因参与了细胞铁死亡调节。5、TCGA的HCC数据集体细胞突变景观分析显示HCC患者基因组中TP53突变率比例最高,且TP53错义突变可能导致EHHADH上游基因PPARGC1A表达量下降。研究结论本研究通过生导EHHADH上游基因PPARGC1A表达异常从而下调EHHADH表达。因此,EHHADH可能是HCC潜在治疗靶点。