为实现对大顶苦瓜种质的快速精准鉴定，以包含主栽品种在内的26份大顶苦瓜种质为材料，通过筛选高多态性简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)核心标记，对其进行聚类分析和指纹图谱构建。结果表明：在苦瓜基因组6种SSRCaspase抑制剂基序单元类型中，二核苷酸SSR标记的多态性最好，适用于进一步从中筛选苦瓜SSR核心标记。在遗传相似系数0.80处，40个SSR标记将26份大顶苦瓜种质分为3个类群，第一类群包含18份种质，果形以短圆锥形为主；第二类群包含5份种质，果形以长圆锥形为主；第三类群包含3份种Infected aneurysm质，其果形与大顶苦瓜相似，但含有非大顶苦瓜种质背景。利用MC05＿69594、MC04＿50530、MC06＿87314和Mselleck MDV3100C10＿146038这4个SSR核心标记可对26份大顶苦瓜种质进行有效鉴定，并为每份大顶苦瓜种质建立独特的QR编码指纹图谱，其中，1号大顶和3号大顶疑为相似材料。构建的大顶苦瓜指纹图谱可以为大顶苦瓜种质鉴定与育种利用提供科学依据。