代谢稳态是机体重要的平衡体系，包括物质合成平衡、能量代谢平衡。表观代谢物为一种脱离经典功能的代谢物，由经典代谢物在酶错误或化学损伤情况下，发生简单的、可逆转的结构修饰而生成，这种修饰反应Humoral immune response参与多种疾病过程之中。因而，经典代谢物与表观代谢物之间的修饰/脱修饰反应可以看作是机体一种新的代谢稳态。调控表观代谢稳态可能是中医药治疗机制中的重要环节，而发展中医药表观代谢调控理论的困难主要在于方法学。表观代谢调控在现代医学研究中仍是一个新课题，缺乏完善的研究体系，虽然有些质谱数据库涵盖了表观代谢产物，但这些信息多是基于结构预测，缺乏实验证实，目前也没有可获得的标准品进行结构确证。同时，表观代谢产物往往浓度极低，如何提高检测寻找更多方法的灵敏度也亟待解决。因此，构建系统的中医药表观代谢调控研究策略应该包括以下方面：(1)完善表观代谢产物质谱数据库，以便能够在非靶向代谢组学方法中找到中医药调控的表观代谢标记物。(2)为了提高检测灵敏度，可以通过合成和结构修饰的方法得到目标表观代谢产物，构建靶向代谢组学方法，确认细节或者基于非靶向代谢物鉴定结果，建立拟靶向分析方法。(3)通过结合转录组学、蛋白组学或生物信息学手段，分析中医药表观代谢调控的分子网络，定位关键调节酶，进而确定其作用靶点。